Imagys

Responsable du service technique : Gilles Courtand

Le centre d’imagerie a pour objectif d’aider les utilisateurs à répondre à tous leurs besoins en matière d’imagerie microscopique ou comportementale, depuis la conception d’une idée jusqu’à l’analyse finale de l’image et à sa présentation. Sous la responsabilité de Gilles Courtand, Imagys vous aide à résoudre vos problèmes d’analyse d’images, quels qu’ils soient.

Nos offres spécifiques sont listées ci-dessous :

Microscopie

Imagys propose une variété de microscopes à ses utilisateurs, qui sont tous disponibles pour une utilisation indépendante, ainsi que pour une utilisation assistée limitée. Il s’agit notamment de microscopes ordinaires à grand champ pour l’imagerie à fluorescence et à fond clair, de microscopes à balayage laser et de macroscopes.

Analyse d’images

Nous utilisons des méthodes d’analyse d’images à la pointe de la technologie pour étudier et résoudre des problèmes de calcul d’images en neurosciences fondamentales et appliquées, ainsi que pour concevoir des outils d’analyse d’images spécifiques à un sujet.

Nous fournissons un accès à plusieurs logiciels d’analyse d’image (traitement d’image classique, reconstruction 3D, apprentissage profond…), et à des stations de travail d’analyse d’image qui sont optimisées pour traiter de grandes quantités de données d’imagerie. Nous privilégions l’utilisation de logiciels libres (Fiji/ImageJ, Icy, Cell Profiler, neuTube, Kinovea, MedInria, 3dSlicer, paraview, DeepLabCut) mais nous utilisons également des outils commerciaux (Neurolucida). Nous disposons actuellement de trois stations de travail équipées de plusieurs programmes d’analyse d’images.
Nous sommes disponibles pour former les utilisateurs à l’utilisation des progiciels, aider à concevoir les protocoles d’analyse les plus appropriés, écrire des macros ou des plugins, ou développer des logiciels propres pour une analyse spécifique (python).
Notre ingénieur et notre programmeur peuvent concevoir une solution sur mesure pour répondre aux besoins des chercheurs individuels.

Nous fournissons des capacités de traitement en collaboration avec le Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain (MCIA) pour permettre des tâches de calcul intensif.

Formation et conseil

Notre programme de formation comprend des conférences didactiques, des ateliers d’analyse d’images, ainsi que la formation des utilisateurs individuellement ou en petits groupes. En outre, nous offrons une consultation gratuite pour la conception d’expériences – y compris la suggestion du meilleur microscope pour des applications spécifiques, les colorants optimaux ou les filtres à utiliser, nous pouvons vous conseiller sur les caméras, l’éclairage spécifique, etc.
Nous proposons également des cours de formation et des services de conseil en développement de logiciels à court terme.